1901 Er publiziert seine Dissertation «Kritische Darstellung unterschiedlicher neuerer historischer Abendmahlsauffassungen».
1902 Unterrichtet an der theologischen Fakultät in Strassburg. Auf Anregung Widors beginnt er mit der Niederschrift von «J. S. Bach, le musicien-poète». Das Werk erscheint 1905.
1903 Am 1. Oktober wird er Direktor des Seminars St. Thomas in Strassburg (bis Oktober 1906).
1905 Er hält sich regelmässig in Paris auf und ist eines der aktivsten Mitglieder der durch seinen Freund G. Bret in Paris gegründeten «Bachgesellschaft».
Im Oktober teilt er seinen Verwandten und Freunden mit, dass er sich entschlossen hätte, Arzt in Äquatorialafrika zu werden und daher Medizin zu studieren. Zwischen 1905 und 1912 ist er, nebst seinem Medizinstudium, in seinen drei Hauptgebieten Theologie, Philosophie und Musik äusserst aktiv und veröffentlicht mehrere Bücher.
1911 Im Oktober macht er sein medizinisches Staatsexamen.
Am 17. November schliesst er die medizinischen Prüfungen ab.
1912 Im Mai zieht er sich sehr erschöpft nach Günsbach zurück. Er muss seine erste Ausfahrt nach Afrika um 10 Monate verschieben. Am 18. Juni heiratet er Helene Bresslau.
1913 Im Februar promoviert er zum Doktor der Medizin mit der Dissertation «Die psychiatrische Beurteilung Jesu».
Am 21. März Abfahrt in Günsbach und am 16. April Ankunft in Lambarene, wo er zusammen mit seiner Frau das erste Spital auf der Missionsstation von Andende aufbaut.
1914 Zwischen dem 5. August und Ende November werden Schweitzers wegen des Krieges in Europa als deutsche Staatsbürger von schwarzen Soldaten bewacht. Danach kann Schweizer seine Tätigkeit als Arzt wieder aufnehmen, wobei er grosse Schulden machen muss. Daneben arbeitet Schweitzer an seiner Kulturphilosophie.
1915 Er findet auf einer Reise auf dem Ogowe den Begriff «Ehrfurcht vor dem Leben».